Dos motivos principales:
1. Cataluña es mas rica que el resto del país, por tanto aporta mas de lo que recibe = conflicto
2. Cataluña tiene un idioma distinto al del resto del país, lo que crea una identidad nacional y menos apego al resto del país que si tuvieran el mismo idioma que la capital a la que paga los impuestos.
¿Por que en España hay mas nacionalismos que en otros países de nuestro entorno, como Francia? Básicamente también por dos motivos.
1. Hay fuertes desequilibrios regionales. Media España es rica y media pobre. Esto nos acerca por ej. a Italia y el caso de la Liga Norte. La diferencia entre las dos España es mas acusada que la que se vive en otros países, como Francia, donde la diferencia entre las regiones ricas y pobres es muy baja, y por tanto, el coste económico que supone a las regiones ricas aportar fondos a las pobres no es muy alto. En España si, y por tanto eso aumenta los conflictos territoriales.
2. Las regiones ricas son la mayoría de ellas regiones que tienen idioma propio, con lo que tenemos la tormenta perfecta.
Con gráficos se ven las cosas mas claras.
¿Por que hay independentismo en Escocia y no en Gales, región también con idioma propio?
Renta per capita Reino Unido:

¿Por que hay independentismo en el norte de Italia, a pesar de que no tienen siquiera idioma propio?
Renta per capita regiones de Italia

¿Por que hay tanto nacionalismo en el Pais Vasco y Cataluña y no en Galicia, que tiene también idioma propio?
Renta per capita regiones españolas:

Diferencias de renta entre las regiones de Francia. Quitando la capital del país, estamos hablando diferencia de solo un 25% de renta per capita entre las regiones mas ricas y las mas pobres. Francia es un país sin grandes constrastes económicos. No se tiene a medio país aportando dinero al otro medio. En todo caso quien mas aporta es la capital, pero claro, estos no van a querer independizarse del resto del país, verdad?

Por cierto, el País Vasco francés y la Cataluña Norte son regiones básicamente agrícolas. Apenas hay industria, y por tanto, son de las regiones mas pobres de Francia, es decir, reciben mas dinero del que aportan al estado, y por tanto, tienen pocos incentivos para independizarse, a pesar de contar con idioma propio.
Diferencia de renta per capita entre las regiones de España. Diferencia de hasta un 100% entre las regiones mas ricas (entre ellas Cataluña y País Vasco) y las mas pobres. A esa diferencia no se llega ni en Italia.

Mapa de España. A simple vista parece que Cataluña es solo una pequeña región de España. Solo supone el 6% del territorio nacional

Pero si miramos el PIB, el indicador real de la importancia de una región y no su superficie, estamos hablando de la primera region en PIB, el motor de España, con el 19% del PIB nacional y el 30% de todas las exportaciones del país

La distribución de la población española demuestra el desastre de pais que tenemos y que hace muy dificil su articulacion.

Las 4 CCAA del centro: las dos Castillas, Aragón y Extremadura, suponen el 50% del territorio nacional, pero solo el 15% de la población. O dicho de otra manera, ese 50% del territorio tiene la misma población que Cataluña, que solo tiene el 6% del territorio nacional.
Castilla-León ha sido el motor de España en su historia, pero desde hace ya varios siglos está en total decadencia. Hasta tal punto, que el País Vasco, que es 9 veces mas pequeño en territorio que Castilla y León, le supera en PIB. Dicho de otra manera, Castilla ya ni existe.